وی در بعلبک متولد شد. دوران کودکی را در جبل عامل در ناحیه شام و سوریه در روستایی به نام «جبع» یا «جباع» زیست، او از نژاد «حارث بن عبدالله اعور همدانی» بوده‌است خاندان او از خانواده‌های معروف جبل‌عامل در قرن دهم و یازدهم خورشیدی بوده‌اند. پدر او از شاگردان برجسته شهید ثانی بوده است.

محمد ۱۳ ساله بود که پدرش عزالدین حسین عاملی به خاطر اذیت شیعیان آن منطقه توسط دولت عثمانی از یک سو و دعوت شاه طهماسب صفوی برای حضور در ایران، به سوی ایران رهسپار گردید و چون به قزوین رسیدند و آن شهر را مرکز دانشمندان شیعه یافتند، در آن سکنا گزیدند و بهاءالدین به شاگردی پدر و دیگر دانشمندان آن عصر مشغول شد. وقتی او ۱۷ ساله بود ،  پدرش به شیخ‌الاسلامی قزوین به توصیه شیخ علی منشار از سوی شاه طهماسب منصوب شد. ۱۴ سال بعد، پدر شیخ برای زیارت خانه خدا از ایران خارج شد اما در بحرین فوت کرد.

شخصیت علمی و ادبی و اخلاق و پارسای او باعث شد تا از ۴۳ سالگی شیخ‌الاسلام اصفهان شود و در پی انتقال پایتخت از قزوین به اصفهان ،  از ۵۳ سالگی تا آخر عمر منصب شیخ‌الاسلامی پایتخت صفوی را در دربار مقتدرترین شاه صفوی، شاه  عباس اول برعهده داشته باشد.

شیخ در فاصلهٔ سال‌های 965 الی 978 -  ۹۹۴ الی ۱۰۰۸ هجری -  سفرهایی چند به خارج از قلمروی صفویه داشت.این سفرها برای زیارت، سیاحت، دانش‌اندوزی و همچنین به گفته برخی مورخان به سفارت سیاسی بوده است. مکه، مصر و شام از جمله مقصد این سفرها بوده است.

وی در سال ۱۰۰۰ - 1030 هجری  - در اصفهان درگذشت و بنابر وصیت خودش جنازه او را به مشهد بردند و در جوار مقبرهٔ علی ابن موسی الرضا جنب موزه آستان قدس دفن کردند. هم‌اکنون قبر وی بین مسجد گوهرشاد و صحن آزادی و رواق امام خمینی در یکی از رواق‌ها که به نام خودش معروف می باشد است.

تاریخ تولد و مرگ شیخ بهایی

تاریخ تولد و مرگ شیخ بهایی بر روی سنگ قبر و کاشیکاری‌های دیوار اتاق مقبره اندکی متفاوت است:

تاریخ تولد:

کتیبه کاشیکاری دیوار: پنجشنبه ۸ اسفند ۹۲۵   (برابر با۲۶ ذیحجه ۹۵۳ هجری  و ۲۷ فوریه ۱۵۴۷)

کتیبه سنگ قبر: فروردین ۹۲۵ خورشیدی (برابر با محرم‌الحرام ۹۵۳ هجری و مارس ۱۵۴۶)

وی در بعلبک متولد شد. دوران کودکی را در جبل عامل در ناحیه شام و سوریه در روستایی به نام «جبع» یا «جباع» زیست، او از نژاد «حارث بن عبدالله اعور همدانی» بوده‌است خاندان او از خانواده‌های معروف جبل‌عامل در قرن دهم و یازدهم خورشیدی بوده‌اند. پدر او از شاگردان برجسته شهید ثانی بوده است.

محمد ۱۳ ساله بود که پدرش عزالدین حسین عاملی به خاطر اذیت شیعیان آن منطقه توسط دولت عثمانی از یک سو و دعوت شاه طهماسب صفوی برای حضور در ایران، به سوی ایران رهسپار گردید و چون به قزوین رسیدند و آن شهر را مرکز دانشمندان شیعه یافتند، در آن سکنا گزیدند و بهاءالدین به شاگردی پدر و دیگر دانشمندان آن عصر مشغول شد. وقتی او ۱۷ ساله بود ، پدرش به شیخ‌الاسلامی قزوین به توصیه شیخ علی منشار از سوی شاه طهماسب منصوب شد. ۱۴ سال بعد، پدر شیخ برای زیارت خانه خدا از ایران خارج شد اما در بحرین فوت کرد.

شخصیت علمی و ادبی و اخلاق و پارسای او باعث شد تا از ۴۳ سالگی شیخ‌الاسلام اصفهان شود و در پی انتقال پایتخت از قزوین به اصفهان ، از ۵۳ سالگی تا آخر عمر منصب شیخ‌الاسلامی پایتخت صفوی را در دربار مقتدرترین شاه صفوی، شاه عباس اول برعهده داشته باشد.

شیخ در فاصلهٔ سال‌های 965 الی 978 - ۹۹۴ الی ۱۰۰۸ هجری - سفرهایی چند به خارج از قلمروی صفویه داشت.این سفرها برای زیارت، سیاحت، دانش‌اندوزی و همچنین به گفته برخی مورخان به سفارت سیاسی بوده است. مکه، مصر و شام از جمله مقصد این سفرها بوده است.

وی در سال ۱۰۰۰ - 1030 هجری - در اصفهان درگذشت و بنابر وصیت خودش جنازه او را به مشهد بردند و در جوار مقبرهٔ علی ابن موسی الرضا جنب موزه آستان قدس دفن کردند. هم‌اکنون قبر وی بین مسجد گوهرشاد و صحن آزادی و رواق امام خمینی در یکی از رواق‌ها که به نام خودش معروف می باشد است.

تاریخ تولد و مرگ شیخ بهایی

تاریخ تولد و مرگ شیخ بهایی بر روی سنگ قبر و کاشیکاری‌های دیوار اتاق مقبره اندکی متفاوت است:

تاریخ تولد:

کتیبه کاشیکاری دیوار:پنجشنبه ۸ اسفند ۹۲۵(برابر با۲۶ ذیحجه ۹۵۳ هجری و ۲۷ فوریه ۱۵۴۷)

کتیبه سنگ قبر: فروردین ۹۲۵ خورشیدی (برابر با محرم‌الحرام ۹۵۳ هجری و مارس ۱۵۴۶)